knitr::opts_knit$set(root.dir = '../../../')
library(stringr)
library(ggplot2)
library(dplyr)
##
## Attaching package: 'dplyr'
## The following objects are masked from 'package:stats':
##
## filter, lag
## The following objects are masked from 'package:base':
##
## intersect, setdiff, setequal, union
Load data
data <- read.table('report/promoter_upstream_downstream_10kb/fetalBrain/intersect.SRX062364.bed.gz', sep = '\t', header = F)
v11.good <- is.na(str_match(data$V14, '[ATGC]'))
v11.strategy1 <- str_match(data$V14, '(.+),.+,.+,.+')
v12.good <- is.na(str_match(data$V15, '[ATGC]'))
v12.strategy1 <- str_match(data$V15, '(.+),.+,.+,.+')
strategy1 <- v11.strategy1
strategy1[v12.good, ] <- v12.strategy1[v12.good, ]
# strategy1 <- str_match(data$V12, '(.+),.+,.+,.+')
strategy1 <- strategy1[, 2]
class(strategy1) <- 'numeric'
data <- data.frame(strategy1 = strategy1, centisnp = data$V7, motif = data$V4, position = data$V2, strand = data$V6)
data <- unique(data)
motifs <- unique(data$motif)
Include all motifs
ggplot(data) + geom_point(aes(x = centisnp, y = strategy1)) +
geom_abline(slope = 1, intercept = 0, color = 'red') +
ggtitle('All motifs')

for (i in motifs){
data.sub <- data[data$motif == i, ]
cat('\n')
cat("#", paste('Motif', i), "\n")
# cat("\n")
print(ggplot(data.sub) + geom_point(aes(x = centisnp, y = strategy1)) +
geom_abline(slope = 1, intercept = 0, color = 'red'))
# cat("\n")
cat("\n")
}
Motif M01608

Motif M00451

Motif M00649

Motif M00746

Motif M01610

Motif M00041

Motif M00443

Motif M01970

Motif M00986

Motif M00778

Motif M01065

Motif M01182

Motif M01933

Motif M01838

Motif MA0119.1

Motif M01196

Motif M01951

Motif M00797

Motif M02011

Motif MA0059.1

Motif MA0093.1

Motif PBM0095

Motif M01990

Motif M01985

Motif M01981

Motif M01976

Motif M01167

Motif M00270

Motif MA0100.1

Motif M01639

Motif M00450

Motif M00448

Motif M01972

Motif M00246

Motif M01636

Motif M01509

Motif M02040

Motif M00235

Motif M01700

Motif M00008

Motif M01512

Motif M01839

Motif M00391

Motif M01643

Motif M00740

Motif M00431

Motif M00428

Motif M01947

Motif M01681

Motif M01966

Motif M00806

Motif M00193

Motif PBM0191

Motif PBM0176

Motif M00644

Motif M00752

Motif M01163

Motif M00262

Motif MA0028.1

Motif M01660

Motif M01243

Motif M01114

Motif M00940

Motif M01492

Motif PBM0083

Motif M00263

Motif PBM0077

Motif M01843

Motif M00068

Motif M00920

Motif PBM0085

Motif M01517

Motif PBM0082

Motif M01925

Motif M01613

Motif M00067

Motif M01096

Motif M00942

Motif M01050

Motif PBM0049

Motif M01503

Motif M01122

Motif MA0115.1

Motif M01782

Motif M00765

Motif M00763

Motif M00762

Motif M00304

Motif M01861

Motif M00981

Motif M00338

Motif M00691

Motif M00512

Motif M01198

Motif MA0017.1

Motif M00158

Motif M00654

Motif PBM0022

Motif M01513

Motif M00427

Motif M00426

Motif M00425

Motif M01646

Motif M01544

Motif M01251

Motif M01634

Motif M01938

Motif M00698

Motif M00944

Motif M01648

Motif M01958

Motif PBM0060

Motif M01852

Motif M00697

Motif M00694

Motif M00357

Motif M00916

Motif M00036

Motif M01862

Motif M01820

Motif M01586

Motif M00917

Motif M00513

Motif M00113

Motif M00017

Motif M01863

Motif M01187

Motif M01186

Motif M00179

Motif M00178

Motif MA0018.2

Motif M00946

Motif M00375

Motif M00039

Motif M01812

Motif M00121

Motif M00187

Motif MA0104.2

Motif M00739

Motif M00736

Motif MA0024.1

Motif M00737

Motif M00050

Motif M01116

Motif MA0007.1

Motif M01806

Motif M01957

Motif M01511

Motif M01259

Motif M01200

Motif M00517

Motif M00254

Motif M00287

Motif M01068

Motif M01597

Motif M00032

Motif M00243

Motif M01219

Motif M00084

Motif M01530

Motif MA0057.1

Motif M01111

Motif M00492

Motif M01840

Motif M00971

Motif M01837

Motif M01054

Motif M01941

Motif M00918

Motif PBM0066

Motif M01567

Motif M00264

Motif M01959

Motif PBM0072

Motif M00693

Motif M01909

Motif MA0069.1

Motif M01946

Motif M00024

Motif M00174

Motif M01298

Motif MA0079.2

Motif M01916

Motif M01927

Motif M00069

Motif M01558

Motif M00236

Motif PBM0013

Motif M01793

Motif M00985

Motif M00539

Motif M00945

Motif M00371

Motif M00370

Motif M00220

Motif M01742

Motif M01650

Motif M00134

Motif M00764

Motif M00064

Motif M01516

Motif M00175

Motif M01815

Motif M01256

Motif M00256

Motif M01028

Motif M00411

Motif M02032

Motif M01911

Motif M00660

Motif M01070

Motif M00973

Motif M00001

Motif MA0114.1

Motif M02016

Motif M01816

Motif M00435

Motif PBM0031

Motif M01548

Motif M01642

Motif M00288

Motif M00070

Motif M00066

Motif M00065

Motif MA0091.1

Motif MA0139.1

Motif M00171

Motif M01906

Motif M00281

Motif M01571

Motif M00993

Motif M01662

Motif M00919

Motif MA0088.1

Motif M00730

Motif M00927

Motif M01308

Motif PBM0081

Motif M01124

Motif M00418

Motif M00284

Motif MA0150.1

Motif PBM0156

Motif PBM0140

Motif M00821

Motif MA0138.2

Motif M01234

Motif M00303

Motif M00104

Motif PBM0173

Motif M01960

Motif MA0157.1

Motif M00398

Motif M00696

Motif M00279

Motif MA0142.1

Motif M00396

Motif M00394

Motif MA0122.1

Motif M00407

Motif M00210

Motif M01615

Motif M00280

Motif M00424

Motif M00342

Motif M00626

Motif M01628

Motif M01779

Motif M01768

Motif M01067

Motif M01774

Motif M00930

Motif M00795

Motif MA0140.1

Motif M00117

Motif M00621

Motif M00616
