knitr::opts_knit$set(root.dir = '../../../')
library(stringr)
library(ggplot2)
library(dplyr)
## 
## Attaching package: 'dplyr'
## The following objects are masked from 'package:stats':
## 
##     filter, lag
## The following objects are masked from 'package:base':
## 
##     intersect, setdiff, setequal, union

1 Load data

data <- read.table('report/promoter_upstream_downstream_10kb/fetalBrain/intersect.SRX062364.bed.gz', sep = '\t', header = F)

v11.good <- is.na(str_match(data$V14, '[ATGC]'))
v11.strategy1 <- str_match(data$V14, '(.+),.+,.+,.+')
v12.good <- is.na(str_match(data$V15, '[ATGC]'))
v12.strategy1 <- str_match(data$V15, '(.+),.+,.+,.+')
strategy1 <- v11.strategy1
strategy1[v12.good, ] <- v12.strategy1[v12.good, ]  
# strategy1 <- str_match(data$V12, '(.+),.+,.+,.+')
strategy1 <- strategy1[, 2]
class(strategy1) <- 'numeric'
data <- data.frame(strategy1 = strategy1, centisnp = data$V7, motif = data$V4, position = data$V2, strand = data$V6)
data <- unique(data)
motifs <- unique(data$motif)

2 Include all motifs

ggplot(data) + geom_point(aes(x = centisnp, y = strategy1)) +
    geom_abline(slope = 1, intercept = 0, color = 'red') +
    ggtitle('All motifs')

for (i in motifs){
    data.sub <- data[data$motif == i, ]
    cat('\n')
    cat("#", paste('Motif', i), "\n")
    # cat("\n")
    print(ggplot(data.sub) + geom_point(aes(x = centisnp, y = strategy1)) +
        geom_abline(slope = 1, intercept = 0, color = 'red'))
    # cat("\n")
    cat("\n")
}

3 Motif M01608

4 Motif M00451

5 Motif M00649

6 Motif M00746

7 Motif M01610

8 Motif M00041

9 Motif M00443

10 Motif M01970

11 Motif M00986

12 Motif M00778

13 Motif M01065

14 Motif M01182

15 Motif M01933

16 Motif M01838

17 Motif MA0119.1

18 Motif M01196

19 Motif M01951

20 Motif M00797

21 Motif M02011

22 Motif MA0059.1

23 Motif MA0093.1

24 Motif PBM0095

25 Motif M01990

26 Motif M01985

27 Motif M01981

28 Motif M01976

29 Motif M01167

30 Motif M00270

31 Motif MA0100.1

32 Motif M01639

33 Motif M00450

34 Motif M00448

35 Motif M01972

36 Motif M00246

37 Motif M01636

38 Motif M01509

39 Motif M02040

40 Motif M00235

41 Motif M01700

42 Motif M00008

43 Motif M01512

44 Motif M01839

45 Motif M00391

46 Motif M01643

47 Motif M00740

48 Motif M00431

49 Motif M00428

50 Motif M01947

51 Motif M01681

52 Motif M01966

53 Motif M00806

54 Motif M00193

55 Motif PBM0191

56 Motif PBM0176

57 Motif M00644

58 Motif M00752

59 Motif M01163

60 Motif M00262

61 Motif MA0028.1

62 Motif M01660

63 Motif M01243

64 Motif M01114

65 Motif M00940

66 Motif M01492

67 Motif PBM0083

68 Motif M00263

69 Motif PBM0077

70 Motif M01843

71 Motif M00068

72 Motif M00920

73 Motif PBM0085

74 Motif M01517

75 Motif PBM0082

76 Motif M01925

77 Motif M01613

78 Motif M00067

79 Motif M01096

80 Motif M00942

81 Motif M01050

82 Motif PBM0049

83 Motif M01503

84 Motif M01122

85 Motif MA0115.1

86 Motif M01782

87 Motif M00765

88 Motif M00763

89 Motif M00762

90 Motif M00304

91 Motif M01861

92 Motif M00981

93 Motif M00338

94 Motif M00691

95 Motif M00512

96 Motif M01198

97 Motif MA0017.1

98 Motif M00158

99 Motif M00654

100 Motif PBM0022

101 Motif M01513

102 Motif M00427

103 Motif M00426

104 Motif M00425

105 Motif M01646

106 Motif M01544

107 Motif M01251

108 Motif M01634

109 Motif M01938

110 Motif M00698

111 Motif M00944

112 Motif M01648

113 Motif M01958

114 Motif PBM0060

115 Motif M01852

116 Motif M00697

117 Motif M00694

118 Motif M00357

119 Motif M00916

120 Motif M00036

121 Motif M01862

122 Motif M01820

123 Motif M01586

124 Motif M00917

125 Motif M00513

126 Motif M00113

127 Motif M00017

128 Motif M01863

129 Motif M01187

130 Motif M01186

131 Motif M00179

132 Motif M00178

133 Motif MA0018.2

134 Motif M00946

135 Motif M00375

136 Motif M00039

137 Motif M01812

138 Motif M00121

139 Motif M00187

140 Motif MA0104.2

141 Motif M00739

142 Motif M00736

143 Motif MA0024.1

144 Motif M00737

145 Motif M00050

146 Motif M01116

147 Motif MA0007.1

148 Motif M01806

149 Motif M01957

150 Motif M01511

151 Motif M01259

152 Motif M01200

153 Motif M00517

154 Motif M00254

155 Motif M00287

156 Motif M01068

157 Motif M01597

158 Motif M00032

159 Motif M00243

160 Motif M01219

161 Motif M00084

162 Motif M01530

163 Motif MA0057.1

164 Motif M01111

165 Motif M00492

166 Motif M01840

167 Motif M00971

168 Motif M01837

169 Motif M01054

170 Motif M01941

171 Motif M00918

172 Motif PBM0066

173 Motif M01567

174 Motif M00264

175 Motif M01959

176 Motif PBM0072

177 Motif M00693

178 Motif M01909

179 Motif MA0069.1

180 Motif M01946

181 Motif M00024

182 Motif M00174

183 Motif M01298

184 Motif MA0079.2

185 Motif M01916

186 Motif M01927

187 Motif M00069

188 Motif M01558

189 Motif M00236

190 Motif PBM0013

191 Motif M01793

192 Motif M00985

193 Motif M00539

194 Motif M00945

195 Motif M00371

196 Motif M00370

197 Motif M00220

198 Motif M01742

199 Motif M01650

200 Motif M00134

201 Motif M00764

202 Motif M00064

203 Motif M01516

204 Motif M00175

205 Motif M01815

206 Motif M01256

207 Motif M00256

208 Motif M01028

209 Motif M00411

210 Motif M02032

211 Motif M01911

212 Motif M00660

213 Motif M01070

214 Motif M00973

215 Motif M00001

216 Motif MA0114.1

217 Motif M02016

218 Motif M01816

219 Motif M00435

220 Motif PBM0031

221 Motif M01548

222 Motif M01642

223 Motif M00288

224 Motif M00070

225 Motif M00066

226 Motif M00065

227 Motif MA0091.1

228 Motif MA0139.1

229 Motif M00171

230 Motif M01906

231 Motif M00281

232 Motif M01571

233 Motif M00993

234 Motif M01662

235 Motif M00919

236 Motif MA0088.1

237 Motif M00730

238 Motif M00927

239 Motif M01308

240 Motif PBM0081

241 Motif M01124

242 Motif M00418

243 Motif M00284

244 Motif MA0150.1

245 Motif PBM0156

246 Motif PBM0140

247 Motif M00821

248 Motif MA0138.2

249 Motif M01234

250 Motif M00303

251 Motif M00104

252 Motif PBM0173

253 Motif M01960

254 Motif MA0157.1

255 Motif M00398

256 Motif M00696

257 Motif M00279

258 Motif MA0142.1

259 Motif M00396

260 Motif M00394

261 Motif MA0122.1

262 Motif M00407

263 Motif M00210

264 Motif M01615

265 Motif M00280

266 Motif M00424

267 Motif M00342

268 Motif M00626

269 Motif M01628

270 Motif M01779

271 Motif M01768

272 Motif M01067

273 Motif M01774

274 Motif M00930

275 Motif M00795

276 Motif MA0140.1

277 Motif M00117

278 Motif M00621

279 Motif M00616